En la Reserva Natural se encuentran 2 especies en estado crítico CR, el Zamarrito del pinche (Eriocnemis isabellae) y el Calzoncitos de munchique (Eriocnemis mirabilis) .En la Reserva se han reportado las siguientes especies que poseen algún riesgo de extinción: 2 especies en estado En Peligro (EN), el Águila Crestada (Spizaetus isidori) y el Tororoi Gigante (Grallaria gigantea). 6 especies casi endémicas y en estado Vulnerable (VU), Buhito Nubicola (Glaucidium nubicola), Pava del Baudó (Penelope ortoni ) endémica, Toropisco de Pacífico (Cephalopterus penduliger), Hormiguero Occidental (Dysithamnus occidentalis), Tangara Multicolor (Chlorochrysa nitidissima), Gorrión Tangarino (Oreothraupis arremonops). 8 especies casi endémicas y en estado Casi Amenazadas (NT); Terlaque Pechiazul (Andigena nigrirostris), Cotinga Alirrufa (Ampelion rufaxilla), Perdiz Colorado (Odontophorus hyperythrus), Compás (Semnornis ramphastinus), Corretroncos Barbiblanco (Margarornis stellatus), Saltarín Dorado (Xenopipo flavicapilla), Urraca del Chocó (Cyanolyca pulchra), Musguerito Gargantilla (Iridosornis porphyrocephalus) (casi endémicas).