En la Reserva se han reportado las siguientes especies que poseen algún riesgo de extinción: el Colibrí Calzoncitos de Munchique (Eriocnemis mirabilis), la Perdiz Colorada (Odontophorus hyperythrus), el Cucarachero Munchique (Henicorhina negreti) y el Gorrión Tangarino (Oreothraupis arremonops). Otras especies endémicas importantes que pueden ser observadas en la zona, pero que no tienen ninguna categoría de peligro de extinción ellas son: el Gavilán de Pecho Liso (Accipiter ventralis) y el Colibrí Sietecolores (Boissonneaua jardini), entre otros. 

Unas de las especies de mamíferos posibles de observar en la zona son la Chucha (Didelphis marsupialis), el Pecarí (Tayassu pecari) y la Ardilla (Sciurus sp), entre otras.