Cuenta con dos especies de aves endémicas y amenazadas del Cañón del Chicamocha, el Cucarachero de Nicéforo (Triophyllus nicefori) y el Colibrí Vientricastaño (Amazilia castaneiventris), dos especies y tres subespecies de aves endémicas y una especie de cactus amenazado.

Una de las características más importantes tanto de la fauna como de la flora de la Reserva, es la presencia de dos especies endémicas y en peligro crítico de extinción como: Thryothorus nicefori y Amazilia castaneiventris. También se encuentran especies endémicas como: Ortalis colombiana, Myarchus apicalis y algunas subespecies endémicas como: Momotus momota olivaresii, Arremon schlegeli canidorsum y Campilorhynchus bicolor. Asimismo, se encuentran especies de plantas amenazadas como Zamia encephalartoidesand y Cavanillesia chicamocha.