La Reserva ProAves Águila Harpía se caracteriza por poseer una selva transicional, ya que pasa de la sabana de la Orinoquía, bosques de galería a la selva húmeda Amazónica. Su estructura vegetal es de Bosque Denso Alto de Tierra Firme, vegetación transformada (pastos enmalezados), Bosque Denso Bajo de Tierra Firme y Bosque Denso Alto Inundable Heterogéneo:
Las familias mejor representadas en número de especies son Mimosaceae, Moraceae, Melastomataceae, Lauraceae, Fabaceae, Euphorbiaceae, Rubiaceae, Burseraceae, Sapotaceae, y Myrtaceae.